微生态制剂的应用，可促进有益菌形成优势，快速降解有机物，减少养殖代谢产物和有害物质，降低养殖水体的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害因子，改善水质。可降低水生生物发病率，提高生长速度，降低饲料系数。单产可增加15%以上，效益可提高20%。
目前应用于水产养殖的是光合细菌等。适用的水环境条件是PH6～9．5，10～38℃，盐度0～40‰。每次施用使养殖水体浓度达到5～10ppm。
（1）光合细菌：可以快速吸收利用水体营养，当水体氨氮浓度过高时，施用光合细菌制剂可以有效缓解。光合细菌在弱光或黑暗条件下也能进行光合作用，阴雨天时施用光合细菌制剂可净化水质。多为液态产品，可以用池塘水稀释，全池泼洒。
（2）乳酸菌：乳酸菌可以快速利用有机酸、糖、肽等溶解态有机物，能快速降解亚硝酸盐，使水质清新。当水质老化、溶解有机物多、亚硝酸盐增高、PH值过高等，可以施用乳酸菌制剂进行调控。多为液态产品，使用时可用一定比例红糖水活化、增殖，几小时后用池水稀释，泼洒。
（3）芽孢杆菌：芽孢杆菌可以促进有益微生物形成优势，转化养殖代谢产物，促进养殖水体物质循环。在放苗前“养水”时，施用芽孢杆菌，不断提供营养元素培养优良浮游微藻，优化水环境和培养活饵料，还能形成有益生物絮团，作为优质饵料。养殖中施用可抑制有害菌繁殖，优化养殖环境，降低饲料系数。市售多是粉状产品，使用前可用配制好的培养基活化、增殖，几小时后用池水稀释，全池泼洒。
微生态制剂一般10～15天施用一次，要注意天气，禁止与抗生素、消毒剂等同时施用。
