小龙虾病害的防治应立足于“无病先防、有病早治、以防为主、防治结合”的方针。引起小龙虾疫病主要有以下几点：
一、过厚的淤泥
1、淤泥中的有机物过多，在水温升高时，有机物会腐烂产生大量硫化氢、甲烷等有毒气体有机酸、氨、氮等有害物质毒害小龙虾。
2、淤泥中过多的有机物会消耗掉水中大量的溶解氧，不利于小龙虾的生长，影响其身体发育。
3、淤泥太深，大量细菌和病毒不易被彻底清除，会直接导致小龙虾患病。
4、过多的淤泥中，会沉积较多的化学和农药残留物，可直接危害小龙虾的发育。
二、突变的水温：若养殖水域水位太浅，则变化的气温会造成水温的突变，使小龙虾产生应激反应，不能适应变化而患病，严重时甚至导致死亡。
三、外界带入的病菌：养殖水域在进水时，若注入了污水沟的脏水，就会带入大量的致病菌危害小龙虾。此外，在购入苗种时，如未选种、未消毒，则容易购进伤残或带有病菌的患病虾，感染水体内其他健康虾，使其患病。
四、质量差的饵料：小龙虾喜吃新鲜饵料，如投喂不清洁或腐烂变质的饵料，就会使水质恶化孳生病菌，导致小龙虾发病。
