1．危害耳棒的杂菌
黑疔（环纹炭团）：为黑褐色颗粒，在高温潮湿荫蔽的地方最易发生，多时连成一片，它本身分泌的炭质硬，使树皮下的形成层变成黑色，吸不进水分，里面成了铁心，不仅不结木耳，就连其他杂菌也不长，它对耳棒的危害最大。
革菌：有好几种，一种叫金边蛾，贴生在耳棒上，边翻起如檐状，贴着木头的不孕面为灰红色，表面为黑色，有的像干了的黑木耳。另一种叫牛皮箍，其中有黑白两种，黑的粟壳色，白的笋片色，全部紧贴生在耳棒上，边缘不翘起，状似贴膏药，有时贴满耳棒，引起木质粉状腐朽，根本不长木耳。在阴湿或连阴雨天格外容易发生。还有一种皱皮革，小菊花状，仰生，白色，薄如纸，子实层有放射状，皱褶或棱脉，这种危害较轻。
多孔菌：一种叫红菌子，色枣红鲜艳，无柄半月形，侧生在耳棒上，它分泌黑褐色色素，能引起木质粒状腐朽，长了这种菌也不再结木耳。另一种叫白菌子，色白淡奶油色，状似细菌子，但体形较大，多时呈云片重叠，大量消耗耳棒养分，使耳棒早期腐朽，影响木耳产量。同时这种菌最爱生虫，它所生的小虫还要蛀食耳棒。还有其他体型较大的牛肝菌，白丝毛菌、鸡毛菌、黄菌（黄蛱蝶菌）、云芝、白边青霉等。这些菌对耳棒的危害较轻，但在郁闷的环境中最易发生。
其防治措施，首先要将耳场选在通风向阳处，搞好耳场的清洁卫生；对场内附近的腐朽树枝杂草和长有杂菌的耳棒一律烧毁，惊蛰和清明间用杀虫药和杀菌药喷施耳场；耳棒点种时对表皮进行严格消毒，实行合理密植，缩短生产周期，废除罢山期。
2．危害木耳常见的害虫
红线虫：体形较细似条线，色红，体长约1厘米，多由耳根钻入耳片内蛀食，表面不易发现。被蛀食的耳片内部变空，表面出现不规则的小洞。被蛀的耳片容易溃烂流失。不堪食用。为害较大。
鱼儿虫：体形像小鱼，颜色如小虾；体长约1～2厘米。它是一种甲虫的幼虫，栖于耳片内，从耳片的内部向外啃食，也吃耳根，被蛀食的耳根不再长木耳。这种虫不但在耳场食，带进仓库还会继续啃食，食量较大，粪便为黑褐色绒条状。
壳子虫：壳子虫的种类繁多，但对木耳危害较大的有黑亮子虫、花壳子虫、麻壳子虫等。这几种虫爬在耳片上从外啃食，如蚕食桑叶状，影响木耳的生长发育。严重的会将整片木耳食光，造成减产。
其他害虫有米象、拟谷盗、松条小囊虫、蓑衣虫、弹尾虫、蛞蝓、马隆虫等，还有耳基内的食菌见此外，还有蛀食耳棒的白蚁、天牛、六星吉丁虫、栗色吉丁虫等，也都间接地危害着木耳的产量和质量。
以上这些害虫，一般都在春分前后开始发生，对春耳危害不大，大量发生在伏耳季节，立秋后逐渐减少。防治措施，除做好消灭虫卵工作外，对红线虫、鱼儿虫可用50%可湿性敌百虫1斤，加水1000～1500斤，浸渍耳棒2分钟；或用马拉硫磷1斤，加水1500斤喷洒；也可对各种壳子虫用鱼藤粉1斤，中性肥皂半斤，加水200斤喷洒；或用除虫菊乳油1斤，加水800斤喷洒。对食用螨可用1：1000倍20%可湿性三氯杀螨砜（T·D·N）喷洒；或用20%可湿三氯杀螨砜1：800倍水溶液浸耳棒5分钟。对古丁虫、天牛及天牛幼虫，最好在早晚进行人工捕捉。
3．危害菌种生产和代料栽培的杂菌
青霉：为青绿色菌落，短绒，菌落边缘参差不齐，分生孢子硬像扫帚，顶端还生有分生孢子。喜低温，多在25摄氏度左右和潮湿、空气不良的地方发生。
毛霉和根霉：这两种菌的形状相似，毛较长，毛霉的菌丝白色，根霉的菌丝灰白如针状，都长有黑色颗粒状的孢子囊，如果用手一摸，可把手染成黑灰色。这两种苗都是在潮湿和空气不良的环境中生长蔓延较快。
曲霉：有黄曲霉和黑曲霉两种，它的菌丝较粗而短，孢子都是至辐射状生长。黄曲霉色黑黄，黑曲霉色黄黑灰，在培养基中温度低时蔓延快。
链孢霉：菌丝呈棉絮状，生有成串的链状孢子，菌落为鲜艳的橘黄色。培养基中温度高湿度大时蔓延快。
木霉：菌丝蔓延生长，菌落边缘不齐，初生为白色；菌丝成絮状或线球状，成熟后分枝顶端的孢子梗上生有成团的分生孢子，产孢子后，菌落变成铜绿色。喜阴暗潮湿通风不良的环境，特别是在高温高湿情况下生长蔓延最快。
酵母和细菌：属于单细胞微生物；个体小，种类繁多，培养基感染此菌后，表面呈粘糊状或呈液状，使培养基发粘带臭味；致使菌丝死亡。
防治各种霉菌的感染，首先要从思想上重视，搞好环境卫生，对制菌和代料栽培时，严格执行操作规程，环环把好灭菌关，对所有工具和引种室、箱、培养室经常保持清洁和灭菌，操作人员在操作前先要进行人身消毒而后再进行操作，绝不能有丝毫疏忽大意。
黑木耳病虫害及杂菌污染的防治
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