由于不同时期发售的国债代保管凭证的法律效力不同，因此对个人柜台债的处理也应当有所不同。在1997年5月1日之前开具的国债代保管凭证仍然是代保管法律关系的有效凭证，不管实际上投资者手中持有的国债代保管凭证指向的国债是否真实存在，一律将其作为持有国债有效证明认定相对应国债的存在。因此，对持有该类国库券的投资者而言，其持有国债代保管凭证的效果等同于持有国债，由此而取得的债权先由证券公司资产偿付，不足部分由国库资金偿付。理论上，在1997年5月1日之后发售的国债代保管凭证，因为已经遭到财政部的取缔，因此，不具有代保管国债的有效凭证的效力，由此产生的债权债务关系也不能认定为“国债”，只能是证券公司和投资者个人之间的债权债务关系。购买此种国债代保管凭证的投资者因此遭受的损失，应当由证券公司资产来赔偿，不足部分则只能是投资者自己承担。
但实践中为了防止出现群体性风险，我国对跨地区、涉及金额巨大、案情复杂和社会影响大的恶性债权债务案件，一般是通过司法机关查案配合，由行政组织清欠，以国库资金弥补个人债的方式将个人损失降到最低限度。实务中清理个人柜台债时，并没有严格按照前述的区分来不同对待，而是统一由国库资金来支付。这种做法，除去出于维护社会安定的政治考虑，在法律上也有一定的根据，因为我国国债市场的发展程度至今还比较的不完善，在监管信息公开、政策透明度上相对较低。财政部以《通知》的形式取缔国债代保管凭证的做法，在普通投资者中间所能的起到的公示作用值得怀疑。另一方面，在中国长期政企不分的这种背景下，期待普通的投资者以平等的地位与具有很强的国有背景的证券公司进行交易，也是不现实的。监管上的不完善和投资者、证券公司之间明显的强弱对比，使上述由国库支付的做法能更好的满足法律的公平要求。但是，其弊端也是很明显的。由政府来出资偿还，固然可以减少眼前个人投资者的损失，维护投资者利益，但从长远来看，却是有害无益的。一方面，难免会激发证券公司的道德风险，以为只要把社会危害度提升到一定的高度，国家就会买单；另一方面，也不利于市场投资者法律意识、市场风险意识的培养，因为最终承担投资风险的是国家而非投资者自身。国家承担责任的能力终究是有限的，通过这样一种方式来维护市场的稳定和投资者对市场的信心，总会有不堪重负的一天。
