几乎与我国企业股份制改革同时起步的企业职工持股制度，从一开始就带有很强的自发性和实验性，因此其局限性和存在的问题显而易见。内部职工股具有人身性质，只能为公司内部职工所持有，但是在发行过程中有法不依，执法不严的现象严重，从一开始就出现了大量的违规或者不规范的情形，主要表现为：内部职工股超范围发行、私下转让、登记管理的不规范等。例如浙江海越公司在发行时总股本13800万股，其中内部职工股2500万股，占总股本的18.11%，但是由于公司内部职工仅303人，公司职工无力认购批准发行的全部内部职工股，因此将内部职工股的认购范围扩大到发起人单位及定向募集社会法人股股东单位职工，超范围比例占到内部职工股总数的90.5%，且在认购的3年内发生了转让。
从1993年开始，全国各地还陆续成立了28家证券交易中心，主要从事全国数千家定向募集公司内部职工股的柜台交易和过户转让。从1994家开始，由于柜台交易受到限制，全国又陆续成立了从事定向募集公司内部职工股经批准可以挂牌转让的产权交易中心，为内部职工股提供了自由转让的平台，而挂牌转让也使内部职工股大量的流到了社会上，转为实际上的社会个人股。1998年，由于对在中国发展场外交易市场认识上的不统一，以及缺乏一个强有力的监管法律体系和组织体系，同年颁发的《国务院办公厅转发证监会关于〈清理整顿场外非法股票交易方案〉的通知》（国务院10号文）把上述产权交易中心从事的非上市公司股票、股权证等股权类证券交易视为“场外非法股票交易”明令禁止，决定对这些场外交易市场进行全面的清理。除上海保留了两家产权交易所外，其余全部关闭，退市摘牌企业达570多家。而另一方面，地下股票交易从来没有停止过，不仅如此，而且公开的场外交易越是被禁止，股票地下交易越是兴盛。
这一切都使内部职工股呈现出一片混乱状态，带来了大量的遗留问题亟待解决，也给设置内部职工持股的定向募集公司带来不良的影响。其主要存在以下几个方面的问题：
1、实践中职工股管理不规范，职工持股流于形式，丧失了必要的约束机制。对职工股由专门的机构进行规范管理，这是国外的通行作法，但我国职工股的管理机构及管理方式混乱，管理职能随意化及管理人员素质不高。对内部职工的管理不严以及内部职工股短期获利丰厚的刺激，也使管理层的一些人有机可乘，将内部职工股变成他们赚取个人资本，买通权利或以权谋私的工具，结果强化了内部人控制。
2、职工持股形式不够规范合理，股权过于分散，缺乏参与公司经营管理现实可行性，致使增强企业凝聚力的激励目的未能很好实现，内部职工股并没有起到提高企业经营业绩的作用。立法上将职工定位于小股东范围，股小言轻，往往更注重于股份的增值和风险的转移，而非参与投票表决，同时由于政策的不配套和利益驱动，职工股在短期内便会大量冲向股市，既冲击了金融市场，也使职工持股制失去了应有的凝聚力，便使职工股变质，沦为单纯的短期福利措施。
3、职工持股无计划状态。尽管我国各地方许多国有企业都搞了内部职工持股，有些地方如北京、上海、天津、西安、江苏等颁布职工持股条件，但整体而言，没有一个系统而长远的发展规划，各地和各企业出于自身的需要，各自为政，各行其是，不仅是不同地区的规制相互矛盾，而且已经建立起来的这些制度有些会为今后的统一造成诸多障碍，加大了后期建立统一规范的成本。
4、对公司上市产生影响。准备上市的定向募集股份公司内部职工股的合法性及清理状况是公司上市时关注的重点，中国证监会发布的《股票发行审核标准备忘录第11号-关于定向募集公司申请公开发行股票有关问题的审核要求》虽然明确了内部职工股流通标准，但是有些公司由于内部职工持股混乱，超范围超比例现象严重，公司设立的合法性难以得到确认，影响了公司的上市进程，甚至成为公司上市不可逾越的障碍。
5、非上市的定向募集股份公司内部职工股目前处于三不管状态。在国务院10号文发布后，场外非法股票交易市场得到清理，而对于清理后摘牌退市并没有条件上市的公司的社会个人股如何进行规范运作，成了法律监管的空白之地。
