在中世纪早期，科托尔的防御得到了加强。当时东罗马帝国皇帝查士丁尼一世在驱逐了哥特人后于公元535年在城市建立了一个要塞。而公元10世纪史料中所提到的下科托尔是东罗马帝国皇帝康斯坦丁七世在要塞附近建立的第二个城市。在公元840年，撒拉逊人洗劫了科托尔。直到11世纪，达尔马提亚语在科托尔成为官方语言。1002年，城市被保加利亚第一帝国占领，并遭到破坏。过了一些年，保加利亚国王萨穆伊尔将城市割让给塞尔维亚人，然而当地居民不接受这一条约，并与邻近的拉古萨共和国结盟，直到1184年，拉古萨共和国在参与战争多年后为了维护自己的共和政体和利益，与塞尔维亚人缔结了和平条约。而主教们看到这一点，于是在13世纪多明我会与圣方济各会的修士们为了阻止波戈米尔教派的教义传播选择在城市附近建立修道院。
在14世纪，科托尔的商业贸易的发展使得城市成为了拉古萨共和国和威尼斯的竞争对手。从1420年到1797年，科托尔成为了威尼斯共和国下属的威尼斯-阿尔巴尼亚省的一部分。1538-1571年和1657-1699年间，城市曾被奥斯曼土耳其帝国两度占领。被威尼斯人统治将近四个世纪的历史使得科托尔的建筑深受威尼斯文化的影响，具有典型的威尼斯风格，也帮助了科托尔入选了联合国教科文组织世界遗产名录。
在威尼斯统治时期，1538年和1657年城市曾两度遭到奥斯曼土耳其帝国军队的围攻，而1572年城市还遭受了瘟疫的侵袭，而1563年到1667年间发生的地震也几乎毁灭了这座城市。在1797年缔结的坎波·福尔米奥条约规定1797年后哈布斯堡王室获得了城市的统治权。然而在1805年，通过普雷斯堡条约，科托尔又成为了法兰西第一帝国的保护国——拿破仑治下的意大利王国的附属城市。而在俄罗斯帝国军队撤出城市后，科托尔成为法兰西第一帝国的伊利里亚省的一部分。1814年1月5日，英国海军准将约翰·哈珀率领拥有18门大炮的三桅帆船“撒拉逊人”号，指挥英勇的英国皇家海军进攻科托尔湾并夺取了科托尔。
在无风条件下通过当地居民用绳索拖动船只登陆，而“撒拉逊人”号的水手们则将18磅海军炮拖到城市附近的圣约翰要塞之上。随后威廉·霍斯特海军上尉率领的“伯坎蒂”号船携带38门大炮前来增援约翰·哈珀，驻守的法军没有选择，唯有无条件向英军投降。
第一次世界大战期间，科托尔成为奥匈帝国海军的三个主要基地之一，并且是奥匈帝国第五舰队的母港，舰队拥有无畏级战列舰和一些轻型巡洋舰。而门的内哥罗斯拉夫军队同奥匈帝国军队在当地展开了激烈的战斗。
1918年后，当时还被称为卡塔罗的城市成为南斯拉夫王国的一部分并被正式命名为科托尔，1941-1943年间，意大利夺取了科托尔地区，使之成为意大利控制的达尔马提亚总督区的一部分。
1945年后，科托尔成为南斯拉夫社会主义联邦共和国下属的黑山共和国的一部分。
1979年4月15日，黑山沿海地区发生了大地震，造成近一百名居民丧生。而一半的科托尔老城区被毁，而圣特里芬大教堂也受到一定程度的损害。而直到20世纪初，克罗地亚天主教徒组成了科托尔湾沿岸城镇居民的主体。整个科托尔湾地区的城镇现在仍然属于克罗地亚天主教科托尔教区管辖。
