汉代，属夜郎国、牂牁郡地。
梁武帝天监年间，置建昌县，侯景叛乱后，侨置夜郎郡，隶武州。
隋开皇元年，废南阳郡置寿州于石阡。
开皇十八年，改寿州为充州。
唐武德三年，复置充州。
武德四年，重置夜郎县。
唐贞观四年，置夷州。
宋大观三年，复置都上县。
元世祖至元年间，置石阡军民长官司于今治所。
明永乐十一年（公元1413年），置石阡府，分辖龙泉县及石阡、苗民、葛彰葛商3个长官司。
清顺治十六年，仍领上述1县3长官司。
康熙二年，废葛彰葛商长官司。
乾隆七年三月，石阡府分设7里。
民国二年，贵州设立都督府和行政公署，实行军民分治。
民国五年，公署知事将全县划分为6个区，石阡县分为10个区。
民国十六年，直属贵州省。
民国十六年，国民政府下令改县公署为县政府，石阡县为二等县。
民国二十四年，国民党改组贵州省政府，实行行政督察区，石阡划归铜仁行政督察区。
民国二十七年，重新调整行政区域，
民国三十二年，石阡实行新县制，设置乡镇保甲。
1949年10月1日，中华人民共和国成立，1949年11月15日，石阡解放，石阡县人民获得了新生。
1950年2月8日，石阡县人民政府成立，随即将民国时期18乡镇划为3个区分辖，设立区公所。7月，改置3区为6区1镇。
1951年2月，改置汤山镇为城关区，同年将区公所改称为区人民政府。
1953年，缩小乡、村行政管理范围，将石阡县划为80乡1镇，区治不变。
1956年1月，中共石阡县第五次党代会作出决定，进行并乡工作。
1961年，撤区并社，将7个区改为区级人民公社，45乡镇为管理区。
1962年，恢复区的设置，设6个区调整公社为27个。
1963年，恢复7个区治，将27个公社增至43个。
1967年3月29日，石阡开始“文化大革命”。
1967年4月2日，“石阡县革命委员会”成立。
1970年起，属铜仁地区至今。
