1821年9月15日宣布独立，后为墨西哥帝国的一部分。
1823年帝国崩溃，萨尔瓦多加入中美洲联邦。
1838年联邦解体后于1841年2月18日宣布成立共和国。
20世纪30年代起，军人多次发动政变，政局长期动荡。
1931年，马丁内斯任副总统兼国防部长，当时经济大萧条，政治腐败，萨尔瓦多共产党的影响力急剧扩大。阿图罗·阿劳霍被迫下台，提名马丁内斯为下任总统。
1932年1月，开始进行地方选举，共产党候选人大量当选，但不被政府承认；萨尔瓦多共产党决定在22日发起暴动，但被马丁内斯发觉，当即下令逮捕共产党领袖法拉本多·马蒂。失去领袖的农民们手持大砍刀，如期发起暴动，但在政府军的镇压下失败，政府军随即展开报复，屠杀了造反的农民三万余人。
1932年以后的13年时间里，萨尔瓦多由马丁内斯统治。
1934年5月19日，萨尔瓦多宣布同满洲国建立外交关系，成为继日本之后第二个承认该政权的国家。
1941年太平洋战争爆发之后，萨尔瓦多加入了英美等国的反轴心国阵营。
1944年4月，由于经济瘫痪，知识分子和学生发起全国总罢工。
1945年5月，马丁内斯下台，流亡危地马拉，后前往洪都拉斯居住。
1979年，改革派革命军政府上台，无论是极右派和极左派都不满意这个政府，冲突发生并演变为内战。
1980年，萨尔瓦多国内正式爆发内战，对峙双方为美国支持的政府和古巴支持的法拉本多·马蒂民族解放阵线。
1992年1月16日，马蒂阵线与政府签定《和平协议》，萨尔瓦多结束持续了12年的内战。
2014年3月，萨尔瓦多举行总统选举第二轮投票，执政党马蒂阵线候选人、副总统萨尔瓦多·桑切斯·塞伦以50.11%的得票率获胜，并于6月1日宣誓就职，任期5年。
