肯尼亚是人类发源地之一，境内曾出土约250万年前的人类头盖骨化石。
公元7世纪，东南沿海地带已形成一些商业城市，阿拉伯人开始到此经商和定居。中国航海家郑和曾到达过肯尼亚的马林迪和蒙巴萨。
1498年，葡萄牙人瓦斯科·达·伽曾到过肯尼亚。
16世纪，葡萄牙殖民者占领了沿海地带。1557年，葡萄牙在东非的蒙巴萨造要塞。
1890年，英、德两国瓜分东非，肯被划归英国，英国政府于1895年宣布肯为其“东非保护地”，1920年改为殖民地。
1960年3月，肯尼亚非洲民族联盟（简称“肯盟”）和肯尼亚非洲民主联盟成立。
1962年2月伦敦制宪会议决定由肯尼亚非洲民族联盟（简称“肯盟”）和肯尼亚非洲民主联盟组成联合政府。
1963年5月肯举行大选，肯盟获胜。同年6月1日成立自治政府，12月12日宣告独立。
1964年12月12日肯尼亚共和国成立，仍留在英联邦内，乔莫·肯雅塔为首任总统。
1978年肯雅塔病逝，副总统丹尼尔·阿拉普·莫伊（Daniel Arap Moi）继任总统。
2002年12月第三次多党大选，反对党全国彩虹同盟获胜，姆瓦伊·齐贝吉于2002年12月30日宣誓就任总统，政权平稳交接。
2015年10月28日，当选联合国人权理事会成员，任期自2016年至2018年。
