肇源镇，原名“老县城”，始称“骆驼脖子”。
，1906年（清光绪三十二年），添设肇州厅，选定“骆驼脖子”修建衙署，遂为治城。中华民国成立后，1913年为肇州县城。到1923年全城人口已达8900人，商铺作坊林立，市面繁荣。东北沦陷后，1934年夏，松花江泛滥，县城被洪水冲毁，肇州县署迁往“老城基”（今肇州县城）。洪水退后，城内住户所剩无几，只称“老县城”。同年12月，明确划归郭尔罗斯后旗管辖。
1935年经伪旗公署与地方士绅商议，将“老县城”定名为“肇源”，同年8月郭尔罗斯后旗公署由四站老爷屯移驻肇源城，后改称肇源街。
1945年“九三”抗日战争胜利后，初设城区，1946年末设置肇源区，1949年改为第一区。
1956年4月，将郭尔罗斯后旗改为肇源县，设置肇源镇。
1958年9月，改称肇源镇人民公社。
1980年8月，改为肇源镇。肇源镇辖境地处松花江北岸沿江一带，地势低平，多沼泽湖泡，是松花江上游沿岸较大的城镇。县属工业集中于镇内，镇街工业也有发展，1992年乡镇企业总产值达3277万元。全镇总面积60平方公里，镇郊有耕地8000余亩，以生产蔬菜为主。镇内分设5个街道办事处，镇郊有东风、园林、郊源、解放、临江、东郊、四方山等7个村。
1992年末全镇总人口5.9万人，其中非农业人口约5.2万人。除汉族外，还有蒙古、回、满、朝鲜等少数民族人口居住。镇政府驻于镇内。
