1996年，纳溪撤县建区，划棉花坡石岭、红光、红星、宝珠、新华、东风·、火车、战斗八个行政村与新建江阳区。
1997年，面积63.4平方千米，人口3.5万，辖五顶、朱坪、大溪、大林、柿子、九川、竹林、柑湾、方水、安富、龙凤、韩桥、棋盘、梓童、高洞、伏龙、金凤、南山、龙蟠19个行政村。
2002年11月1日撤乡建镇。新设五顶山社区，南山村并入龙蟠村，梓潼村并入金凤村，龙凤村并入柑湾村，面积69.13平方千米，辖19个行政村，总人口38068人。 2003年，面积69.1平方千米，辖19个行政村，171个村民小组，总人口38190人。 2004年，面积69.13平方千米，辖19个行政村，171个农业社，总人口38259人。2013年棉花坡镇镇府迁至九川蓝安大道皂桷树。
2014年3月8日，原属棉花坡镇管辖的柿子村、九川村、大林村、大溪村、五顶村5个行政村划入增设的东升街道办事处。原属棉花坡镇管辖的朱坪村、五顶山社区划归永宁街道办事处管辖。
棉花坡镇辖安富村、柑湾村、竹林村、方水村、棋盘吃、高洞村、伏龙村、金凤吃、龙蟠村、韩桥村，面积43.2平方公里。镇镇府搬迁到五顶村牛马场孔雀山庄。
