1976年在独树北2公里张庄、翟庄之间发现的新时器时代遗址，经考证为仰韶文化早期遗迹，说明当时这里的人类活动已相当繁盛。独树自古为南北通衢、历来为兵家必争之地。楚文王十二年（公元前678年），楚文王为了与中原诸候争锋，在方城山（今独树镇大关口黄家门）一带以山筑塞，修筑长城，作为进退之据。《淮南子·坠形篇》把大关口与太汾、居庸等关口并列，合称“天下九塞”，现残存南北两条土城墙，高1.5—3米，旗杆山、擂鼓台等地名流传至今，现为河南省文物保护单位。
历史文化名镇
早在春秋时期，独树已成为商品集散地。汉代中叶，独树称为龙泉店，时人开始开采和制作黄石砚、石猴等工艺品。明朝正统四年设诸阳驿，独树正值驿道上，称为龙泉店铺，后称龙泉镇。明嘉靖三十二年，洪水淹没冲毁龙泉古镇，仅龙泉寺前一老槐树得以幸存，后人因此易名为独树。清咸丰九年修建龙泉铺寨，现仍存东寨门及上方石刻“旭映”二字。
1943年，豫陕鄂解放区第七地委、七专员署、七军分区成立，1948年迁往独树，当时独树属鲁南县。
1950年成立独树区，1958年5月，成立独树革命委员会，1971年9月建立独树人民公社党委，1978年改独树人民公社为独树乡政府，1980年废除革命委员会，成立管理委员会，1986年4月独树撤乡设镇。
1990年被河南省建设厅命名为“中州名镇”，1999年被河南省政府确定为全省百家重点建设小城镇之一，2003年被南阳市委市政府命名为“三星级”小城镇。目前，全镇辖44个行政村，265个自然村，总人口74950人，有汉、回、蒙古族、傣族等4个民族，其中回族占少数民族的绝大多数。
