5年，西班牙人蒙达那首先登上马克萨斯群岛。
此后的三百年间，葡萄牙人、英国人、法国人先后发现了这些群岛并开始争夺所有权。
1880年，塔希提岛沦为法国殖民地。至19世纪末，其他岛屿亦被法占领。
1946年成为法国海外领地，1956年与法国政府达成自治框架协议，1957年正式命名为法属波利尼西亚，由总督管理，领地议会和政府委员会协助其工作。
1977年开始实行地区自治，1984年实行内部自治，但法国仍掌管外交、国防、财政和司法权，政府委员会的权力，尤其是商务方面的权力有所增强。法国委派高级专员取代总督为最高行政首脑，管理政府委员会。
1984年9月改政府委员会为部长会议，主席由领地议会选出。加斯通·弗罗斯当选为首任主席。
1991年4月、1996年5月和2001年5月弗罗斯连任主席。
1999年10月，法国参议院提出宪法修正条款，允许该岛增加自治权，并首次就该岛的未来达成协议。波利尼西亚的地位也将从海外领地变成海外国，波也将有权与其他太平洋国家签署国际条约。
2000年1月，该修正款提交参众两院联合会议通过，迄今未果。
2013年5月18日，联合国大会一致通过决议，将法属波利尼西亚重新列入联合国非自治领土名单。
