元代于刘家港开创漕粮海运后，遂日益繁盛，成为万家之邑。元末筑太仓城。吴元年建太仓卫，明初置镇海卫，屯兵驻防。
明弘治十年（1497），割昆山、常熟、嘉定三县地建太仓州。
清雍正二年（1724），升为江苏直隶州，并析地置镇洋县。
民国元年（1912），太仓州和镇洋县合并，定名太仓县。中华人民共和国成立后，始属苏南人民行政公署，后隶属江苏省苏州地区专员公署。
1983年3月，改隶苏州市。
1993年3月28日，撤县建太仓市。清代，太仓是江苏省下属的一个直隶州，下辖4县：镇洋、嘉定、宝山、崇明，辖境除今太仓市，以及今上海市的嘉定、宝山2区和崇明县以外，还包括今上海市中心城区的杨浦、虹口、闸北、普陀4个区的大部分。
