从三山岛哺乳动物化石和旧石器的发现来推断，大概有一万多年历史；如果从商代末年（约公元前12世纪）泰伯、仲雍避奔江南建“勾吴”算起，至少有三千多年历史（此后春秋战国时期先后被称为吴、越、楚）；如果从公元前221年，秦始皇统一中国，实行郡县制，建立吴县算起，则有二千多年历史。隋唐时代，吴地平息战乱后区辖有所变化。隋开皇九年（589年）改吴州为苏州。十一年（591年）吴县县治迁徙至横山（今横山镇）。唐武周万岁通天元年（696年）析吴县东部地置长洲县，两县分境合城而治。 隋唐时代，吴县的农田水利和漕运事业得到较大的发展。大业六年（610年），隋炀帝开凿了大运河，吴县不仅成为江南运河航运的要地，也使
大片 的农田灌溉得到了改善。“云帆转辽海，粳稻来东吴”、“夜市卖菱藕，春船载绮罗”，这些诗咏真实反映了当时吴县物阜民丰的繁华景象。交通的改善，使吴县的手工业和多种经营也同时得到发展。丝织和刺绣等开始盛誉天下，产品逐渐运销海内外。
洞庭山的橘子、枇杷等花果成为“贡品”。“洞庭橘熟万株金”、“树树烟笼疑带火”即为洞庭山区果林的生动写照。北宋太平兴国三年（978年），吴、长洲两县均属浙江西路。
从公元前221年，秦始皇统一中国，实行郡县制，建立吴县算起，则
有二千多年历史。秦初，吴县地域广大，包括常熟、吴江、嘉兴等地在内。秦之后，吴县的地域、辖属屡有变化。至东汉末年，吴地属孙权割据地。晋武帝灭孙皓，分天下为十九州，吴属扬州。晋太康四年（283年）县境北部析置海虞县（今常熟市）。宋、齐、梁、陈四代吴县均为吴郡。梁代侯景之乱时，吴郡一度还曾被称为吴州，后吴州、吴郡、吴县治所同驻一城。
北宋太平兴国三年（978年），吴、长洲两县均属浙江西路。清雍正二年（1724年），划长洲县东南部建立元和县，与吴县、长洲县合城而治。后又划吴县东山、西山建太湖、靖湖两厅。至1912年，复并三县两厅为吴县。
1928年，划吴县城区设苏州市，1930年撤销市建置，辖区复归吴县。
1949年4月27日，吴县解放，市、县分设，析城区和郊区置苏州市，周围乡
村为吴县，东山、西山及太湖湖区划建太湖行政办事处。
1953年5月，苏南人民行政公署太湖办事处改建震泽县。
1959年撤销震泽县，复并入吴县，隶属苏州专员公署（1960年1月7日，国务院批准撤销震泽县，并入吴县）。
解放后的吴县，没有另建县城，全县的党政机关驻于苏州市区。为了适应改革开放的需要，1984年开始，吴县在离苏州市中心约3千米的城南开辟总面积为20平方千米的新城区。
1989年8月，吴县机关迁入新城区。
1995年6月8日，国务院批准，撤销吴县，设立吴县市，以原吴县行政区域为吴县市区域，市人民政府驻长桥镇。
2000年12月31日，经国务院批准，撤销县级吴县市，设立苏州市吴中区、相城区。
