关于林芝的历史，最早的文字记录见于工布第穆摩崖石刻上。该石刻位于林芝县门日区广久雍仲增村附近，面向西南，已有1200多年的历史，字迹仍然清楚。上面记载了这样一段历史。
雅隆部落的第一代首领聂赤赞普，从波密来到工布的强妥神山，从这里开始他的雅隆部落首领生涯，前后共经历七世，全驻跸于藏南青瓦达孜宫。公元1世纪前后，因雅隆部落君臣之间发生权力争斗，第七代首领止贡赞普被杀，他的两位王子聂赤和夏赤逃回工布地区。后来弟弟夏赤从工布返回雅隆，成为雅隆部落的第八代首领布德功杰，而哥哥聂赤则留在工布地区成为工布人的首领，开始了工布土王的沿袭。石刻中说：“工布王族系肇一于王兄”， “永不令外姓为工布王，只命工布王之子孙世袭。”这块摩崖石刻是8世纪藏王赤德松赞(?-815)颁赐给工布王的盟誓文书，并勒石为纪。此后许多年工布地区都由工布王统治。
林芝地区
到了萨迦时期和帕竹时期(13-16世纪)，林芝地区成了藏传佛教噶玛噶举派的势力范围。17世纪甘丹颇章政权成立，林芝地区被分封为阿沛、江中、甲拉等几家地方首领的领地，不久又划分成立了则拉、觉木、雪卡、江达等宗。而波密地方，长期为土酋噶朗德巴统治，处于割据状况。
1931年，西藏地方政府将林芝波密地方划为波堆、波密两宗，墨脱地区改为墨脱宗。
1951年5月西藏和平解放，1959年实行民主改革，1960年1月成立塔工专署，同年2月改设林芝专区，专署驻林芝县。将拉绥溪、古如朗木杰溪、加查宗、朗宗、金东溪划归山南专区。原属昌都地区的嘉黎宗、倾多宗、易贡宗、曲宗划入林芝专区。以德木宗西部与觉木宗东部、则拉岗宗东北部合并设林芝县(驻尼池村);以白玛桂(包括金珠、珞堆卡)设墨脱县;以则拉岗的西南部设米林县;以江达宗设工布达县(驻江达村，即太昭);以雪喀宗和觉木宗西部设雪巴县(驻雪巴村);以嘉黎宗设嘉黎县;将倾多宗、易贡宗、曲宗合并设波密县(驻扎木)。林芝专区辖林芝、墨脱、工布江达、雪巴、波密、米林、嘉黎等7县。
1961年米林县迁驻东多村。
1962年工布江达县迁驻介德。
1963年10月撤销林芝专区，将林芝、墨脱、工布江达(驻介德)、米林(驻东多村)4县划归拉萨市领导;嘉黎县划归那曲专区;波密县划归昌都专区。撤销雪巴县，大部分划归工布江达县，一部分划归林芝、嘉黎2县。
1986年2月1日，林芝地区行署正式恢复，下辖林芝、米林、工布江达、墨脱、波密、察隅、朗县7个县，共有55个乡镇，614个行政村。
1997年，面积117000平方千米(实际控制面积76000平方千米)，人口14万。地区行政公署驻林芝县八一镇。辖林芝、工布江达、米林、察隅、墨脱、波密、朗县7个县。(数据根据《政区大典》)
2005年10月9日，民政部批准(民函268号)林芝县人民政府驻地由林芝镇迁至八一镇。
