延吉历史悠久，据已发掘的新石器时代
出土文物及两千年前的《汉书》中记载，早在新石器时代，就有人类在这块土地上繁衍生息。唐朝及以前，延吉曾先后属渤海国、高句丽王朝辖地。元、明时代，延吉地区先后属辽阳行省开元路，努尔干都使司布尔哈图等卫所。至康熙十六年（公元1677年），清朝廷借“长白山一带为先祖龙兴之地”之名，将兴京以东，伊通州以南，图们江以北划为禁山围场，封禁长达200年之久。19世纪末，朝鲜及我国山东、河北一带遭大灾，始有人冒禁闯入封禁区。光绪七年（公元1881年），灾民大批迁入，清朝逐废除封禁令，在南岗设立招垦局。光绪二十八年（公元1902年），随着人口日增，清朝在局子街设延吉厅。宣统元年（公元1909年），吉林东南路兵备道台公署移住局子街，延吉厅升为延吉府。
1912年改为延吉县。
东北沦陷时期，延吉沦落于日寇铁蹄下，为伪满间岛省省会。解放战争时期，吉林省政府、延边行政督察专员公署等行政机构曾设在延吉。
1952年9月，成立延边朝鲜族自治区，后改自治州，延吉亦是州府所在地。
1953年5月，延吉从延吉县划出成为县级市、1985年1月，国务院批准延吉市为全国甲级开放城市。
