唐贞元十九年（803年），析泉州南安县西南4乡置大同场，今翔安区境域划为绥德乡翔风（含金门）、民安2个里，隶大同场辖。五代后唐长兴四年（933年），王延钧称帝后，升大同场为同安县，今翔安区境域隶属之。
宋，今翔安区境域属平海军同安县辖。
元，今翔安区境域属泉州路同安县辖。
明，今翔安区境域隶泉州府同安县辖。
清乾隆四十年(1775年），置马巷厅始，至
今翔安区境域直隶泉州府马巷厅。
民国元年（1912年）废马巷厅，今翔安区境域复归同安县。
民国3年（1914年），析翔风里之大嶝岛、小嶝岛、大金门、小金门置金门县，上隶于厦门道。
民国17年（1928年），今翔安区境域直隶于福建省同安县。
民国22年（1933年）11月至民国23年（1934年）1月，福
建事变时改隶中华共和国人民革命政府兴泉省同安县。
民国23年（1934年）1月后，隶于福建省第五督察区同安县。
民国24年（1935年），改隶于福建省第四专员公署同安县；至1949年9月。
民国24年（1935年），今翔安区境域（不含大嶝、小嶝）区划为同安县第二区（驻马巷），辖第10～17办事处，14联保、166保隶属同安县管辖，大嶝、小嶝隶属金门县辖。
民国26年（1937年）10月25日，日军占领金门，金门县政府迁往大嶝设立办事处，大嶝、小嶝仍隶金门县辖。
民国32年（1943年），撤区建乡设保，今翔安区境域（不含大嶝、小嶝）置1镇5乡（马巷镇、民石、仁风、振南、侯牧、公安乡），民国33年（1944年），区划调整，今翔安区境域（不含大嶝、小嶝）置1镇3乡（马巷镇，民安、翔风、公安乡），隶同安县辖，大嶝、小嶝隶金门县辖，直至境内解放。
1949年9月，解放初期，今翔安区境域（不含大嶝、小嶝）暂沿旧制，隶同安县辖，上隶于华东军政委员会福建省第五行政督察专员公署。
1950年7月，改上隶于泉州行署（后改称晋江专区）。
1949年9月隶属于华福建省第五行政督察专员公署，管辖泉州、莆田、厦门等。
1950年7月，改属福建省泉州行政督察专员公署，管辖泉州、莆田、同安县等，后改名为晋江专区。
1958年10月，从晋江专区划出改隶于厦门市。
1970年8月，再划归晋江地区，1973年9月，归隶厦门市至今。
1949年10月，大嶝岛、小嶝岛解放；1950年4月设立区公所，属金门县；1951年由南安代管。
1950～1951年，今翔安区境域（不含大嶝、小嶝）置马巷镇、第五区（驻马巷）、第六区（驻曾厝），隶同安县辖。之后，境内区划多次调整变更，上隶晋江专区同安县辖不变。
1958年10月，隶于厦门市同安县。
1970年8月，今翔安区境域（不含大嶝、小嶝、大帽山国营农场）复上隶于晋江专区同安县辖。
1971年3月，南安县析出大嶝公社及石井公社莲河、霞浯2个大队（今属翔安区大嶝街道和新店镇）划入同安县。
1973年9月，今翔安区境域又划归厦门市同安县辖。
1997年05月01日起，撤销同安县，设立同安区，今翔安区境域隶厦门市同安区辖。
2003年04月26日起，国务院批准设立厦门市翔安区，直隶厦门市辖，下辖原同安区东部的5镇（大嶝镇、新店镇、马巷镇、内厝镇、新圩镇），共6个居委会、103个村委会。
2003年10月19日起，翔安区正式挂牌成立。
2003年12月18日起，大帽山农场划为翔安区辖，为翔安区直属全民所有制企业。
2005年，撤销大嶝镇，设立大嶝街道。
2007年年底，翔安区隶直厦门市辖，下辖1街（大嶝街道）、4镇（新店、马巷、内厝、新圩）、1场（大帽山农场），有81个社区居委会，30个村委会。
