隋唐时期，室韦就成为呼伦贝尔部分部落驻地，唐代曾设室韦都督府进行管辖。
1206年，是成吉思汗的二弟合撒儿的领地，黑山头古城就是他们居住的主要城池。
清世宗雍正五年（1727年）清朝政府在额尔古纳河流域设置了“卡伦”，管理边务和内政一直延续到民国
民国九年（1920年）建室韦县和奇乾设治局，民国十年（1921年）设奇乾设治局为奇乾县。
民国二十二年（1933年），伪满洲国改室韦县和奇乾县为额尔古纳左翼旗和额尔古纳右翼旗。
民国三十七年（1948年）合为额尔古纳旗，人民政府设在三河镇。
1966年1月经国务院批准，撤消额尔古纳旗，分设左右两旗，并将1961年划给陈巴尔虎旗的三河、上库力、拉布达林划回额尔古纳右旗。
1975年旗政府迁至拉布大林。
1994年，国务院同意撤销额尔古纳右旗，设立额尔古纳市（县级），以原额尔古纳右旗的行政区域为额尔古纳市的行政区域。
