2004年，将香溪镇黄泥岭、陈店、吴村、盛道院、后畈、长塘后、朱山、里徐、陈家井、大屋基等10个行政村划归云山街道管辖，调整后，云山街道共管理桃花坞、云路、天福山、金钟岭、和平、黄龙洞、竹园、枣树、黄湓、永进10个社区和茆竹园、余店、黄龙洞、后地、檀树、徐尚源、黄湓、十里亭、蒋宅、枣树、石埠岭、岩头、化里、费龚里、中徐、黄泥岭、陈店、吴村、盛道院、后畈、长塘后、朱山、里徐、陈家井、大屋基25个行政村，办事处驻地不变（人民北路52号）。
2005年末面积42.42平方千米，人口8.03万人。2007年11月6日，浙政函[2007]158号批复同意将云山街道费垄口村划归灵洞乡管辖；调整后，云山街道辖10个社区、24个行政村，办事处驻地不变（人民北路52号）。
自2015年12月21日启动行政村规模调整工作以来，到2016年1月17日，全市201个新村全部挂牌成立。本次调整后，云山街道辖蒋里村、黎明村、永丰村、陈家井村、白沙岭村、石阜岭村、后地村、十里亭村、岩头村、黄泥岭村等10个行政村，黄龙洞村、余店村、茆竹园村、中徐村、枣树村、黄湓村等6个村保留原行政村建制（社区筹），条件成熟进行撤村并居。
