消毒以灭活水中病原微生物为目的，常见消毒方式包括氯消毒、二氧化氯消毒、紫外线消毒、臭氧消毒或其组合技术。
1 、氯消毒
利用液氯、次氯酸钠或次氯酸钙等消毒剂灭活致病细菌和病毒。
（ 1 ）（适用范围） 适用于污水再生处理设施出水的消毒及管网末梢的余氯保持等。
（ 2 ）（技术特点）技术成熟，成本低，具有广谱的微生物灭活效果，余氯具有持续杀菌作用，剂量控制灵活可变。
（ 3 ）（运行参数）常规消毒投加量宜为 6-15 mg/L （以有效氯计），氯与再生水的接触时间应不小于 30 min ，再生水余氯含量及管网末端余氯含量应符合国家有关标准要求。
（ 4 ）（注意事项）使用液氯消毒应注意储存与运输安全；再生水用于补给景观水体和观赏性水生动、植物养殖，在保证消毒效果的同时应避免过度消毒，防止余氯及消毒副产物对水生生物影响，在条件许可的情况下建议采用臭氧或紫外消毒技术；氯消毒对病原性原虫灭活效果差，可考虑采用联合消毒方式提高病原性原虫灭活效果，降低卤代消毒副产物生成量。
2、 二氧化氯消毒
利用二氧化氯的强氧化性，灭活水中各类病原微生物。
（ 1 ）（适用范围）适用于污水再生处理设施出水消毒。
（ 2 ）（技术特点）现场制备，具有优良的广谱微生物灭活效果和氧化作用。
（ 3 ）（运行参数） 二氧化氯与水应充分混合， 投加量宜为 4-10 mg/L （以有效氯计），与再生水的有效接触时间应不少于 30 min 。
（ 4 ）（注意事项）使用氯酸钠和盐酸制备二氧化氯时应注意储存与运输安全；二氧化氯消毒产生亚氯酸、氯酸等消毒副产物。
3、 紫外线消毒
利用低压或中压紫外线灯灭活水中各类病原微生物。
（ 1 ）（适用范围）适用于污水再生处理设施出水消毒。
（ 2 ）（技术特点）不使用化学药品，具有广谱的微生物灭活效果；接触时间短，基本上不产生消毒副产物。
（ 3 ）（运行参数）紫外线有效剂量参照《城市 给排水紫外线消毒设备》（ GB/T19837-2005 ），接触时间宜为 5-30 s 。
（ 4 ）（注意事项）不具有持续消毒效果，输配时宜采取投加次氯酸钠等措施，防止病原微生物的复活和再生长；其他注意事项与紫外 - 过氧化氢氧化技术相同。 。
4 、臭氧消毒
利用臭氧作为消毒剂，灭活水中各类病原微生物。
（ 1 ）（适用范围）适用于污水再生处理设施出水消毒。
（ 2 ）（技术特点）现场制备，具有广谱的微生物灭活效果；同时兼有去除色度、嗅味和部分有毒有害有机物的作用。
（ 3 ）（运行参数）臭氧投加量宜为 8-15 mg/L ，接触时间宜为 10-20 min 。
（ 4 ）（注意事项）不具有持续消毒效果，输配时宜采取投加次氯酸钠等措施，防止病原微生物的复活和再生长；其他注意事项与臭氧氧化技术相同。
