1、还田模式
畜禽粪便污水还田作肥料为传统而经济有效的处置方法，可使畜禽粪便不排往外界环境，达到污水零排放。既可有效处置污染物，又能将其中有用的营养成分循环于土壤-植物生态系统中，家庭分散户养畜禽粪便污水处理均采用该法。该模式适用于远离城市、土地宽广且有足够农田消纳粪便污水的经济落后地区，特别是种植常年需施肥作物地区，要求养殖规模较小。还田模式主要优点一是污染物零排放，最大限度实现资源化，可减少化肥施用量，提高肥力；二是投资省，不耗能，毋需专人管理，运转费用低等。其存在的主要问题一是需要大量土地利用粪便污水，每万头猪至少需7hm2土地消纳粪便污水，故其受条件所限为适应性弱；二是雨季及非用肥季节必须考虑粪便污水或沼液的出路；三是存在和传播禽畜疾病和人畜共患病的危险；四是不合理的施用方式或连续过量施用会导致NO3-、P及重金属沉积，成为地表水和地下水污染源之一；五是恶臭以及降解过程所产生的氨、硫化氢等有害气体释放对大气环境构成威胁。
我国一般采用厌氧消化后再还田利用，可避免有机物浓度过高而引起的作物烂根和烧苗，同时经过厌氧发酵可回收能源CH4，减少温室气体排放，且能杀灭部分寄生虫卵和病原微生物。国外对畜禽粪便污水还田利用的研究主要侧要重于安全性评估以及减少风险的措施。我国该方面研究则主要着眼于畜禽粪便污水厌氧消化液(沼液)的正面影响即改良土壤及增产效果，而对其副作用即长期施用所产生的危害尚未引起足够重视。
2自然处理模式
自然处理模式主要采用氧化塘、土地处理系统或人工湿地等自然处理系统对养殖场粪便污水进行处理，适用于距城市较远、气温较高且土地宽广有滩涂、荒地、林地或低洼地可作污水自然处理系统、经济欠发达的地区，要求养殖场规模中等。自然处理模式主要优点一是投资较省，能耗少，运行管理费用低；二是污泥量少，不需要复杂的污泥处理系统；三是地下式厌氧处理系统厌氧部分建于地下，基本无臭味；四是便于管理，对周围环境影响小且无噪音；五是可回收能源CH4地。其主要缺点一是土地占用量较大；二是处理效果易受季节温度变化的影响；三是建于地下的厌氧系统出泥困难，且维修不便；四是有污染地下水的可能。
我国南方地区如江西、福建和广东等省也多应用自然处理模式，但大多采用厌氧预处理后再进入氧化塘进行处理，厌氧处理系统分地上式和地下式，氧化塘为多级塘串联。我国在人工湿地处理养殖废水方面进行的一些实验研究和工程应用，主要着眼于植物筛选和处理效果的考察，而在氧化塘以及人工湿地处理养殖废水设计中，一般参照氧化塘或人工湿地处理其他污水的资料作为设计依据或者随意设计，但针对畜禽养殖废水，其氧化塘、人工湿地究竟需要多大面积，出水才能达到标准，季节温度变化对自然处理系统效果的影响等方面尚缺乏深入研究和规范可依。
3工业化处理模式
工业化处理模式包括厌氧处理、好氧处理以及厌氧一好氧处理等处理组合系统。对那些地处经济发达的大城市近郊、土地紧张且无足够农田消纳粪便污水或进行自然处理的规模较大养殖场，采用工业化理模式净化处理畜禽粪便污水为宜。工业化处理模式主要优点一是占地少；二是适应性广，不受地理位置限制；三是季节温度变化的影响较小。其主要缺点一是投资大，每万头猪场粪便污水处理投资约120万～150万元；二是能耗高，每处理1m3污水约耗电2～4kW•h三是运转费用高，每处理1m3污水需运转费2.0元左右；四是机械设备多，维护管理量大；五是需专门技术人员管理。
我国目前已有相当多的养殖场采用该模式处理粪便污水。畜禽养殖粪便污水厌氧处理工艺通常有完全混合式厌氧反应器、厌氧滤池、厌氧挡板反应器、厌氧复合反应器、上流式厌氧污泥床和内循环厌氧反应器等。畜禽养殖粪便污水含有高浓度的悬浮物和NH4+-N，影响r高教厌氧反应器的效率。好氧工艺早期主要采用活性污泥法、接触氧化法、生物转盘、氧化沟和缺氧一好氧法等工艺，这些工艺处理养殖场废水脱N效果均差，其中缺氧好氧法虽能取得较好脱N效果，但需要污泥回流和高比例混合液回流，一般还需加碱。而采用间歇曝气处理猪场废水其有机物与N、P去除效果较好，此后以间隙曝气为特点的序批式反应器广泛应用于猪场废水处理中，且绝大多数获得较好有机物与N、P去除效果。由于养殖场废水系高浓度有机废水，采用好氧处理工艺直接进行处理则需对废水进行稀释，或采用很长的水力停留时间(一般6d以上，有的甚至长达16d)，这都需建大型处理装置，投资大，能耗高，运行费用昂贵。高浓度有机废水采用厌氧一好氧联合处理工艺是公认的最经济方法。。
目前采用厌氧一好氧工艺处理养殖场废水尚少见报道，且已有的厌氧一好氧工艺处理养殖场废水报道，其处理效果均很差，主要是好氧后处理对厌氧消化液污染物去除效果差。厌氧一加原水间歇曝气(简称Anarwia工艺)是由我国研制开发的畜禽养殖污水处理新工艺，即将大部分畜禽养殖污水进行厌氧消化后，出水再与小部分未经厌氧消化的养殖污水混合，然后采用问歇曝气序批式反应器处理混合水，该Anarwia工艺处理效果与序批式反应器直接处理工艺相同，但其水力停留时间、工程投资、剩余污泥量、需氧量同比分别降低38 6％、11．8％、16 4％和95 9％，并能回收沼气。
