渔用饲料的保留对于维持其营养成分至关重要，如果保留不当，容易造成渔用饲料变质，营养丧失或产生有毒物质。随着保留时间的增长，渔用饲料中的单糖、二糖逐步被耗费。蛋白质总量变革不大，但游离氨基酸量增长，酸价提高。大麦、燕麦、玉米、大米、小麦等的蛋白质都能被酶水解。因此，保留时间过长，就可能下降蛋白质对胃蛋白酶、胰蛋白酶的敏感性，下降蛋白质的生物学价值。
渔用饲料的保留，其含水量不能超过13％，以10％以下为好。保留渔用饲料的仓库、场地宜单调，避光。有条件的地方，渔用饲料最好用塑料袋密封保留。避免鼠类、昆虫等有害动物耗费和损坏饲料。维生素在保留期的丧失与水分含量有亲密的关系。小麦含水量在17％时，五个月内维生素B丧失30％；而含水量在12％时，同期内仅丧失12％。同时，温度的影响比水分还要大，保留温度为7℃时，胡萝卜素丧失一半，25℃时丧失3／4；长期保留，加之温度高，水分含量多，胡萝卜素将被完全丧失。有许多方生素，在保留时极易丧失，丧失最大的是维生素A，其次是维生素C，维生素B最为巩固。
渔用饲料的保留方法有缺氧保留、单调保留、通风保留、低温保留和化学保留。在高温条件下，加上渔用饲料含水量偏高，就极易发生霉变，产生对水生动物有毒的物质（霉菌毒素或黄曲霉毒素），故发霉的渔用饲料不得利用。为了避免渔用饲料发霉，可向饲料中添加化学制剂。其主要化学制剂有下列几种：
（一）防霉剂在渔用饲料中加入化学药品抑制和杀死微生物来达到安全保留的目标，其常用的品种有：丙酸钠，每吨饲料添加1千克；丙酸钙，每吨饲料添加2千克；脱氢醋酸钠，每吨饲料添加200—500克。
此外，在生产中经常改变渔用饲料的酸碱度，使微生物处于恶劣环境，达到抑制和杀菌的目标。如在解决秸秆渔用饲料时加入一定量的生石灰，使其处于碱性环境，能够抑制和杀死部分微生物。又如在新鲜的陆生植物保留中，利用乳酸菌产生乳酸，使其pH降到3。8—4。2，抑制糜烂菌的生长，达到保留的目标。当然，还能够加入一些其余防腐剂，如甲醛、亚硫酸、有机酸（甲酸等）、硫酸、盐酸等。在每吨新鲜的陆生植物中加入2。3千克甲酸，使pH下降到4。2—4。6，有利于保留。
（二）抗氧化剂在渔用饲料中含有较多脂肪。脂肪容易主动氧化分解，一方面产生异味变质，另一方面损坏了溶解于脂肪中的脂溶性维生素A、D、E、K等，从而下降渔用饲料的营养价值。为了避免氧化，常添加一些抗氧化剂。
合成抗氧剂有：乙氧基喹啉、丁基化羟基甲苯、丁基化羟基甲氧基苯、五倍子酸脂、抗坏血酸等。添加量在通常的渔用饲料中为0。01％—0。05％，通常可避免脂肪和脂溶性养分的氧化变质。如果条件可能的话，最好是当时加工当时用，这样，有利于饲料新鲜，营养不致失散（丧失），对发挥渔用饲料的效率有一定的作用。固然可采取防霉剂、抗氧化剂等化学药品来避免渔用饲料的霉变，但这并非上上之策，有时加入上述这些化学药品，有可能会产生一些副作用。
