一、瓶装发酵料（1cm）
改进方法是：在培养基的上方离瓶口4cm左右，装入1－2cm的发酵料，再灭菌。因为发酵料本身是无菌的，接入菌种后，菌丝很快布满整个瓶的上部，菌丝同时吃料。这种方法优点是杂菌不易浸染培养基，并且菌种的菌龄一致。污染率可降至3%以下。
二、麦粒发芽法
改进方法是：让麦粒发芽后再装瓶灭菌。麦粒的贮藏物质主要有淀粉、脂肪与蛋白质，当种子吸胀和细胞生理活性重新活化时，各种酶的活性增强，这些物质在萌发时被分解为简单结构的麦芽糖、蔗糖、氨基酸等物质，易于被菌丝利用，菌丝生长速度快。具体做法是：一次性让做菌种的麦粒发芽，芽的长度为麦粒长度的1-2倍，后充分晒干贮存，等到做菌种的前一天，浸泡麦粒12h，直接装瓶灭菌。该方法的优点是省去煮麦粒的过程，节省了人力财力，并且发菌快、杂菌少，污染率仅在2%-3%。
三、使用液体菌种
改进方法是：使用液体菌种。液体菌种克服了固体菌种的缺点，液体菌种可直接作为栽培种进行栽培。使用液体菌种不仅杂菌侵染的机率低，污染率可降至2%左右，而且从长远的眼光看，由于它的生产不用塑料袋，对环境没有污染，降低了菌种的生产成本。
四、从原种瓶的下部接菌
改进方法是：从原种瓶的底部开始接种。我们知道原种瓶下部的菌种菌龄短，生命力旺盛，并且杂菌少，接菌后菌丝吃料快，污染率低，这样污染率可降至3%左右。为了进一步降低栽培种的污染率，建议将正常原种瓶口上部的1/5的原种弃掉，防止肉眼看不到的杂菌污染栽培种。
五、高温季节，接菌时间提前或延后
改进方法是：在7-8月份的气温较低的时间段接菌，如早晨或晚上。当然，如果在有空凋的室内接菌效果更佳，污染率可降至5%以下。
降低食用菌菌种污染率的几种新方法
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