由于督促程序在一般情况下该程序仅适用于基层人民法院（海事法院也可适用支付令），因此上级法院很少对该程序的适用经验进行总结，基层法院也缺乏上级法院的对口业务指导。各地基层法院就该程序的适用条件和范围也存在着差异。从十多年的司法实践来看，目前督促程序至少存在着下列四点缺陷：
1、债权人实现债权的成本风险大。
支付令生效后的申请费由被申请人（债务人）负担；而因为债务人提出书面异议使督促程序被裁定终结时，申请费由申请人（债权人）负担。《诉讼费用交纳办法》实施后，债权人申请支付令应预交的申请费从每件100元变成了比照财产案件受理费标准的1/3交纳。当支付令的申请金额超过2万元时，债权人应预交的申请费就超过了100元。由于人民法院对债务人的书面异议仅作形式审查，即使债务人恶意提出书面异议，支付令也将自行失效，此时将由债权人负担支付令的申请费。债权人为实现债权必须另行起诉，不但增加了费用支出，也浪费了时间，因此增大了其实现债权的成本风险。
2、容易成为提示债务人转移财产的“通知书”。
《中华人民共和国民事诉讼法》规定的财产保全仅包括诉前财产保全和诉讼财产保全，督促程序属于非诉特别程序，因此不能适用财产保全。依据《最高人民法院关于适用督促程序若干问题的规定》第五条、第六条的相关规定，债权人申请支付令时不能申请诉前财产保全或者同时起诉，否则支付令申请将被驳回或者督促程序将被裁定终结。在支付令送达债务人后的十五天的异议期间内，债务人完全有充足的时间来转移自己的财产。
3、当事人的救济途径相对缺失。
《中华人民共和国民事诉讼法》仅规定当事人“对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的”和“对已经发生法律效力的调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律的”，可以申请再审。1992年公布的《最高人民法院关于支付令生效后发现确有错误应当如何处理的批复》规定“债务人未在法定期间提出书面异议，支付令即发生法律效力，债务人不得申请再审；超过法定期间债务人提出的异议，不影响支付令的效力”。即在当前司法实践中，当事人不能对已生效的支付令申请再审。该批复同时规定，“人民法院院长对本院已经发生法律效力的支付令，发现确有错误，认为需要撤销的，应当提交审判委员会讨论通过后，裁定撤销原支付令，驳回债权人的申请”。2000年最高人民法院公布的《关于适用督促程序若干问题的规定》中保留了这一规定。2002年最高人民法院公布的《关于正确适用暂缓执行措施若干问题的规定》第九条还规定了“在执行过程中，执行人员发现据以执行的判决、裁定、调解书和支付令确有错误的，应当依照最高人民法院《关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第258条的规定处理……（即'执行员在执行本院的判决、裁定和调解书时，发现确有错误的，应当提出书面意见，报请院长审查处理……'）”。这一规定虽然扩大了法院内部对确有错误的支付令的纠正途径，但是当事人的救济权利仍未得到任何保障。
4、可能成为基层法院突破级别管辖的手段。
《中华人民共和国民事诉讼法》规定支付令由有管辖权的基层人民法院受理，《最高人民法院关于适用督促程序若干问题的规定》也规定“基层人民法院受理债权人依法申请支付令的案件，不受争议金额的限制”。目前法院的财政权都掌握在同级政府手中，很多地方的同级政府财政只能保障法院的基本运转，法院必须自己“找米下锅”。虽然支付令的申请费只有财产诉讼收费的1/3，但在《最高人民法院关于审理民事级别管辖异议案件若干问题的规定》实施后，基层法院很难指望上级法院对其指定案件。在这种情况下，基层法院有可能对诉讼标的额超过自身级别管辖的“跑来的案源”适用支付令，从而突破最高人民法院的级别管辖规定。又因为调解结案的案件的受理费应减半收取，那么在此情况下，基层法院的诉讼收费的“损失”就不是那么大了。与其让上级法院受理案件而自己收取不到一分钱诉讼费用，不如想方设法来合法的收取一部分诉讼费用，这是很多基层法院，特别是落后地区的基层法院的心态。
