专利行政诉讼具有显著特点。
首先是司法权对行政权的监督和制约。专利行政诉讼是法院运用国家审判权来监督专利行政主体依法行使专利行政权，在专利行政相对人的合法权益遭受专利行政机关违法行政行为的侵害时，为专利行政相对人提供的保护和救济。各国专利审查制度均赋予当事人对行政部门终局裁定的司法审查请求权，专利行政诉讼作为专利审查制度的重要组成部分，是专利审查公正性和准确性的最后保障。
其次是以法院为主体的司法审查活动。法院作为独立于专利行政机关和专利相对人及其他利益相关者的居中裁判者，应专利相对人的请求，启动行政诉讼程序，根据诉讼当事人和利害关系人的陈述和意见，采取抗辩制的审查方式，就某项专利具体行政行为的依据是否合法，程序是否正当进行审查，并依法做出裁判。
第三，审级较高且具有交叉性。专利案件具有高专业性、强技术性，在管辖级别设置上一审管辖法院为中级人民法院。在专利侵权民事诉讼中，对专利效力的审查采取专利行政诉讼的方式。此时，专利侵权民事诉讼须待专利无效行政诉讼的判决生效后才能恢复审理，针对同一个专利纠纷案件，就可能同时存在两个既独立又交叉的诉讼。
