1、关于土地增值税清算时收入确认的问题。
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）规定，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
2、关于土地增值税的核定征收。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第六条规定，房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税：
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
依据上述规定，房地产开发企业在土地增值税清算时，对既未开具发票也未签订销售合同的房产，若申报的计税收入明显偏低，又无正当理由的，税务机关可按下列方法和顺序核定确认清算收入：
（一）按本企业当月销售的同类房地产的平均价格核定。
（二）按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确认。
（三）参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确认。
房地产企业在土地增值税清算时，未开票也未签订销售合同的房产应如何确认收入？
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