济州特别自治道的历史可以追溯到石器时代。通过对遗迹的发掘可知，当时的人们在洞穴或岩窟中居住，并发现有打制石器、磨制石器等遗物，还出土了青铜器、铁器时代的遗物。支石墓、磨制石器、土器、瓮棺墓等散布于岛内四处，是研究济州历史起源的重要资料。济州的古名有岛夷、东瀛州、涉罗、耽牟罗、托罗等，这些名称中，除了“东瀛州”以外，都是“岛国”的意思。
上古时代～三国时代 耽罗国。
938年（高丽太祖21年） 耽罗国太子入朝高丽。
1105年 - 高丽废止耽罗国国号，设耽罗郡。
1275年 - 高丽忠烈王虽然名义上恢复耽罗国，却设中国元朝总管府，济州岛是中国元朝的领土。1273年到1392年属中国元朝版图：1231年，高丽蒙古战争，高丽国王逃至江华岛；1258年，崔氏政权垮台，国王投降蒙古汗国，蒙古则答应撤军。1273年，中国元朝军队占领济州岛，高丽蒙古战争结束。高丽成为中国元朝的藩属国，中国元朝政府在济州岛设置耽罗军民总管府，管辖驻扎在济州岛的中国元朝军队和岛上居民的事务，下设一些政府机构，比如中国元朝驻耽罗岛牧马府，牧马府最高官员为中国人左亨苏，虽然1356年恭愍王回复时高丽朝廷才重新掌握统治权，但直到中国元朝灭亡几十年后岛上的元朝官员才向高丽投降。
中国对朝鲜半岛及周边一些地方，包括朝鲜半岛南边的济州岛，影响巨大：中国对朝鲜半岛北部在中国西汉到三国曹魏和中国辽金元朝时候共800多年间领有主权，高丽版图只包括朝鲜半岛南部，汉四郡（公元前108年～公元313年），是公元前108年汉武帝平定卫满朝鲜后在朝鲜半岛北部和中部设立的四个郡，分别为乐浪郡、玄菟郡、真番郡、临屯郡，对朝鲜南部、日本诸部落有很大的影响力，虽然疆界线总体上呈现出从南向北退缩的趋势，但在中国辽金元400余年间，基本稳定在今朝鲜江原道的永兴郡一带。至元十九年（1282年），日本侵扰高丽沿海，在高丽国王请求下，中国元军驻防金州。第二年，中国元朝正式在高丽设置征东行中书省，以高丽王与元军将领阿塔海共领行省事（《元史》卷208《高丽传》）。直至元末，高丽的内政与外交均受到元朝的控制。朝鲜半岛都受到元朝的控制，更何况朝鲜半岛南部的济州岛。
1294年 - 中国元朝耽罗军民总管府的底下某些职工是岛上居民或经中国元朝政府批准的由高丽来的人，但仍然隶属于元朝政府，朝鲜政府无权管理。朝鲜王朝初期称之为济州牧。中国元朝被明朝推翻几十年后，中国元朝耽罗军民总管府的人才向朝鲜投降，济州岛才变为朝鲜土地。
1416年 - 在济州牧内设置大静及旌义二县
1864年 - 将济州属全罗道观察使管辖。
1906年 - 废牧使，改设郡守
1915年 - 废止郡制，改为岛制
1946年 - 实施道制（省级）
济州四·三事件又称济州岛大屠杀，美国军政时期至大韩民国第一共和时期早期发生在济州岛，是韩国现代史上人命受害惨重仅次于朝战的悲剧性事件。而且，在事件发生五十年后，仍未完成具体性与综合性的追究真相，而民怨不休。直到2000年1月12日“济州四三特别法”制订公布之后，才由政府层次着手调查真相。
1947年3月1日，由济州岛人民委员会所组织的要求南北统一之岛民游行活动（完全和平进行），遭到了警察的枪击，6名岛民死亡。济州全岛决定在3月10日举行大规模抗议活动。驻扎朝鲜的美军陆军司令部军政部将警察与朝鲜北方逃亡而来的年轻人组织的右翼团体（西北青年团等）送上济州岛，开始白色恐怖。
1948年4月3日，济州岛民开始武装暴动，是为四三事件。
1948年4月3日清晨二时，350名武装队攻击了十二处警察分局与右翼团体，展开了武装起义。这些武装队高喊口号，要求警察与“西北青年团”停止镇压，反对单选、单政，要求建立统一政府等。起初，美军政当局视为“治安事态”，只增派警力与西北青年团去阻止事态扩大。但是事态未见收拾，驻韩美军司令约翰·里德·霍奇中将与军政厅长威廉·弗里希·迪安少将于是下令警备队出动，展开镇压作战。
1948年11月17日李承晚政府宣布济州戒严。在此之前，第9团团长宋尧赞发出布告称，在距离海岸线五公里的山区地带通行的人，视为暴力分子将予以格杀。从此，就对山区村落大肆展开“焦土化”的强力镇压作战。与此有关的美军情报报告书中记载了：“第九团基于山区地带村落的所有居民，明显提供游击队帮助与方便的假设之下，而对村落居民采取‘大量屠杀计划’。戒严令宣布之后，许多山区村落的居民遇害。不只是山区部落，连住在海岸边村落的零散居民，也以提供武装队协助的理由而被处死。结果，为了保命而逃入山中的难民更为增加，他们在寒冬躲在汉拏山中，被抓到的话，不是遭射杀就是送到监狱。镇压军警甚至将家中有人不在者列为“逃避者家属”，而对他们的父母与兄弟姊妹施以“代杀”的残忍替代手法。
据估计，约1万4千人至6万人在武力冲突和镇压过程中被杀。韩国政府2003年10月15日认可了《济州4·3事件真相调查报告书》，承认截止1954年9月21日解除戒严，有3万余名无辜人员牺牲。韩国政府43事件国家真相调查委员会实际登记有案的受害者人数为14,373人，但据信包含未确认与未纪录的人数总计约为25000～30000人之间，此数字是根据委员会资讯与事件之前与之后的人口数字统计。
而济州岛民则认为可能有多至4万人遇害。另一方面，该事件也导致近4000多名的济州岛民逃往日本避难，其后裔多散居在日本的关西地区。肃清造成了济州岛民人数从原先的28万人急剧下降至只有3万人。
1955年 - 济州邑升格为济州市
1981年 - 西归邑、中文面合并，升格为西归浦市
2006年 - 济州岛成为特别自治道
