战国属夜郎国。
晋属夜郎郡。
唐朝时期为降昆县。
宋朝时为和武州。
元朝时于今县境火花罗黎寨置和弘州。
明洪武十年（1377年）置康佐长官司，隶安顺州。
清雍正八年（1730年）于今县城置归化厅，置归化工理苗府，意指苗胞多（苗族）夷胞少（布依族）。故称归化理苗府。后因江汉同胞寓籍日众，名实不符，乃清光绪末年改称归化理民府，“归化”二字意指使苗夷胞“归顺”“造化”。
民国二年（1913年）改厅为县，因“归化”二字含意欠雅，遂以城西有紫云洞，改名为紫云县。
1949-1955年，隶属安顺专区。
1956-1957年，划归黔南布依族苗族自治州管辖。
1958-1960年，撤销紫云县，将县城北部化归长顺县，南部划归望谟县。
1961年，恢复紫云县建置。
1965年，改为自治县。
1966年2月，建立紫云苗族布依族自治县。
2012年，紫云苗族布依族自治县辖5个镇，7个乡，223个村，6个社区、1999个自然村。
辖松山镇、水塘镇、猴场镇、猫营镇、板当镇、白石岩乡、宗地乡、大营乡、四大寨乡、坝羊乡、火花乡、达帮乡。
