清雍正八年（1730），设六里同知，雍正十年改六里为永绥厅，治吉卫吉多坪。嘉庆二年（1797），升永绥厅为直隶厅。嘉庆七年，厅治迁花垣（今县城）。
民国元年（1912），改直隶厅为行政厅。次年，改永绥厅为永绥县，属辰沅道。
民国24年属湘西绥靖处。
民国25年属湖南省第四行政督察区。
民国29年属第九行政督察区。
1949年11月和平解放，同时成立县人民政府，治花垣。属沅陵专区，1952年改属湘西苗族自治区。
1953年9月，永绥县改名花垣县。辖地、治所不变。
1955年属湘西苗族自治州。
1957年属湘西土家族苗族自治州。
