1992年，马涧、姚塘下、大塘3乡合并设立马涧镇。
1996年，面积97.8平方千米，人口3.1万人，辖马一、马二、马三、马四、马五、下杜、马坞、蒋坞、章岩、鲍村、溪源、应村、殿里、田峡、富竹坑、里庄、楼休、新塘源、大一、大二、西汤、寺方、东江畈、何岗头、毛塘、上张、后翁、郑宅、仁塘、郑村、后范、黄坞口、横坑、大丘田、姚塘下、季宅、塘上、塘下、觉林、后潘、殿前41个行政村。
2004年，撤销石渠乡、横木乡，并入马涧镇；调整后，马涧镇辖1个居民区和马二、马一、马三、马四、马五、觉林、后潘、殿前、下杜、马坞、蒋坞、章岩、毛塘、鲍村、后范、塘上、塘下、大丘田、横坑、姚塘下、黄坞口、季宅、郑宅、仁塘、上张、后翁、郑村、大一、大二、何岗头、西汤、楼休、东江畈、寺方、溪源里、里庄、富竹坑、田峡、应村、新塘源、殿里、荷塘头、上盘山、下盘山、翁月、澄宅口、菩提源、社何、樟山、祝宅、东叶、横木、店坞口、西庄、石一、石二、石三、黄泥山、清塘、周溪、蒋社垄、丁埠头、源口、穆登源、五星、陈塘下66个行政村。镇政府驻地不变（马二村）。面积159.16平方千米。2005年末人口4.97万人，【邮编】321115【2011年代码及城乡分类】330781109:～001 121马涧居委会 ～200 121马一村 ～201 121马二村 ～202 121马三村 ～203 121马四村 ～204 121马五村 ～205 220下杜村 ～206 220马坞村 ～207 220蒋坞村 ～208 220章岩村 ～209 220西湖鲍村 ～210 220田峡村 ～211 220富竹坑村 ～212 220里庄村 ～213 220楼休村 ～214 220殿里村 ～215 220应村 ～216 220溪源村 ～217 220大一村 ～218 220大二村 ～219 220寺方村 ～220 220新塘源村 ～221 220西汤村 ～222 220东江畈村 ～223 220荷岗头村 ～224 220毛塘村 ～225 220后翁村 ～226 220郑宅村 ～227 220上张村 ～228 220仁塘村 ～229 220郑村 ～230 220后范村 ～231 220黄坞口村 ～232 220横坑村 ～233 220大丘田村 ～234 220季宅村 ～235 220姚塘下村 ～236 220塘上村 ～237 220塘下村 ～238 220觉林村 ～239 220后潘村 ～240 220殿前村 ～241 220石一村 ～242 220石二村 ～243 220石三村 ～244 220沉塘下村 ～245 220丁埠头村 ～246 220蒋社垅村 ～247 220周溪村 ～248 220黄泥山村 ～249 220清塘村 ～250 220源口村 ～251 220五星村 ～252 220穆澄源村 ～253 220西庄村 ～254 220横木村 ～255 220东叶村 ～256 220店坞口村 ～257 220社何村 ～258 220翁月村 ～259 220荷塘头村 ～260 220澄宅口村 ～261 220上盘山村 ～262 220下盘山村 ～263 220菩堤源村 ～264 220祝宅村 ～265 220樟山村。
