据出土文物考证，约在四五千年前齐河境内就有氏族聚居。夏商为兖州之域，西周属齐国地。春秋称祝柯，又名督杨。秦朝置祝柯县，西汉高祖十一年（公元前196年）改称祝阿县。新莽改祝阿县为安城县，东汉建武五年（29 年）复称祝阿县。
东晋时祝阿升县为郡，南北朝时又撤郡复县。唐朝天宝元年（742 年）改祝阿县为禹城县。乾元二年（759年），迁城于迁善村，即今禹城市区。原县城称耿济镇，宋改耿济镇为济河镇，继称齐河镇。金天会八年（1130年）撤镇改县，称齐河县，隶济南府。元，隶燕南河北道德州。明，隶济南府。清，隶山东布政使司济南府。
民国，隶岱北道，继隶济南道。抗日战争时期，县境分北、中、南三个人民政权统辖。分别隶属泺北专署、泰西专署、冀鲁豫区一专署。
1950年隶属德州专署， 1956年长清县河西部分并入本县，隶属聊城专署，1961 年复隶德州专署（1980年改称行署），1994 年12月撤消德州地区改称德州市。
2014年-2015年德州市委常委 提出2017年之前将齐河县 撤县设市
