南通在距今五、六千年开始就有人群在当地居住，市区一带在晋朝以前为江口海域，南北朝时始成沙州，初名壶豆洲，后名胡逗洲，属海陵郡（今泰州）。
唐朝时为盐亭场，玄宗开元十年（722年）设置盐官，属扬州海陵县，隶淮南道。唐僖宗乾符二年（875年）时，设狼山镇遏使，归浙江西道节度使管辖。五代十国时期（907-960年），吴时曾设东洲静海都镇遏使。南唐时立静海都镇制置院，置如皋县属泰州，历时半世纪。公元958年，北方后周派兵南下，占领静海，升为静海军，不久改名为通州，领静海、海门两县，属扬州管辖。
宋朝时天圣元年（1023年）一度称崇州或崇川，不久复称通州，隶属南东路，领静海、海门两县。元世祖至元十五年（1278年）升为通州路，二十一年（1284年）复称通州，属扬州路。隶江北淮东道廉访使司，领静海、海门两县。
清康熙十一年（1672年）海门废县为乡并入南通；雍正三年（1724年）改通州为直隶州，并以泰兴、如皋两县归其管辖，隶江苏市政使司；乾隆二十六年（1761年）改隶江宁市政使司。辛亥革命后废州立县，设“南通县公署”。
1914—1927年，南通、如皋、靖江、泰兴等县为苏常道辖，海门、崇明等归沪海道辖。
1934年设立南通行政督察区专员公署，辖南通崇明、启东、海门、如皋、靖江六县。抗日战争时期，1941年3月在南通县北兴桥建立抗日民主政府，解放战争期间，设通东、通海、通西、通如行署，在如东掘港建立苏中第四行政区专员公署，曾改建苏皖（华中）一、九行政区。
建国后置南通市，南通县城迁至金沙镇，设立南通专区归苏南行政公署，辖海安、如皋、如东、南通、海门、启东和崇明七县及南通一市。
1952年底，江苏恢复建省，南通市为省辖市，1958年崇明县划入上海市，1962年南通市再次列为省辖市，并脱离南通专区。
1970年全省又统一改专区为地区。
1983年3月，南通市与南通地区合并，实行市管县体制。
1989年以后启东、海门、如皋撤县建市，仍由南通市管理。
1997年南通市下辖启东市、如皋市、通州市、海门市、海安县、如东县、崇川区、港闸区、狼山旅游度假区和富民港办事处等四市二县三区一办。南通市是全国最早的14个沿海对外开放城市之一，也是上海经济区的重要组成部分。
