秦、汉、三国时期为夫余人属地，南北朝时期是北魏所属乌洛候人居住地，隋、唐代属室韦。
辽代属上京道、东京道，金代属上京路，元代属辽阳行省开元路。
明代先属福余卫，后归奴儿干都司辖。清康熙二十八年(1689)，设布特哈总管衙门,管理该地区事务。
光绪三十二年(1906),以嫩江为界分设东、西布特哈，本旗为西布特哈。
民国四年（1915），西布特哈地区筹建布西设治局，总管公署与设治局并存，由总管兼理政务。
民国十四年（1925），将布西设治局址与总管公署迁至尼尔基街。
1932年成立伪满洲国傀儡政权，改布西设治局为莫力达瓦旗。
1946年1月解放，成立布西旗，归嫩江省二行署管辖。同年3月又改称莫力达瓦旗，划归纳文慕仁盟管辖。
1949年4月，将巴彦旗并入莫力达瓦旗。
1958年8月15日，经国务院批准成立了莫力达瓦达斡尔族自治旗，实现了民族区域自治，归内蒙古呼伦贝尔盟管辖。
1979年7月，划归内蒙古自治区，归呼伦贝尔市管辖至今。
