养殖水域底部常常积累大量的残余饵料、排泄废物、动植物残体以及有害气体氨气、硫化氢等，这些物质往往导致水质败坏。微生态制剂中的微生物具有氧化、氢化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能将上述有害物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等，不仅净化了水质，还能为单胞藻的繁殖提供营养物质。
目前，比较常用的微生态制剂有光合细菌、硝化细菌、芽抱杆菌等。光合细菌具有独特的光合作用能力，能有效利用水中过剩的有机物作为自身繁殖的营养源，迅速分解水中氨氮、硫化氢、酸类等有害物质，从而改善水质，增强鱼类的抗病力。
水产用微生态制剂按形态一般分为两类：一类是固态微生态制剂；另一类是液态微生态制剂。使用方法包括饵料拌喂和全池泼洒。
饵料拌喂：每吨饵料用液态微生态制剂1-2升。干料：将微生态制剂稀释200倍后均匀喷洒，将饵料表面喷湿，喷完即喂；湿料：将稀释200倍的菌液直接拌料，拌匀即喂。
全池泼洒：每3-5亩水面（1米水深）使用1升液态微生态制剂或1公斤固态塘底净微生态制剂，液态微生态制剂适当稀释后每10天左右泼洒一次。塘底净每1-2个月使用一次。如遇水质恶化或养殖密度较高可增加泼洒次数及用量。
微生态制剂的合理使用与注意问题
根据微生态制剂的特性，在水中施用时需注意以下几点：
1在养殖全过程中应定期、连续投放，使其在水中形成优势群落，发挥最佳效果。
2 投放后应减少换水次数或不换水。
3微生态制剂不可与抗生素等化学类药物同时使用，两者使用间隔为1周。
4 微生态制剂以晴天、中午投放效果最好，且用量要适当。
