根据做出行政决定的机关不同，我国专利行政诉讼主要分为以下三类：
（1）以专利复审机构作为被告的专利行政诉讼。专利申请人对专利复审机构做出的、维持专利审查机构（国家知识产权局专利局）驳回专利申请、不授予专利权的复审决定不服，或专利权人对专利复审机构做出的宣告专利权无效，或者无效宣告请求人对其做出的维持专利权有效的决定不服，可将专利复审委员会作为被告提起专利行政诉讼（（（专利法》第41条、第46条）。
（2）以专利审查机构作为为被告。对专利审查机构（国家知识产权局专利局）根据专利法》第48至50条规定做出的三种强制许可的决定不服，或不服专利审查机构做出的实施强制许可使用费裁决，专利权人可提起诉讼（专利法第55条）；对国务院专利行政部门应当事人申请对专利局的具体行政行为的复议决定不服，复议申请人或者第三人可起诉。
（3）以地方管理专利工作的部门为被告。对依法在地方政府设立管理专利工作的部门，具有专利行政执法职能。专利行政相对人对其做出的责令停止专利侵权、处罚假冒他人专利、对专利代理机构或代理人惩戒等行政决定不服，可以以管理专利工作的部门为被告向有管辖权的法院提起诉讼。
