当事人对专利复审委员会作出的无效宣告请求审查决定不服提起的专利行政诉讼应该如何定性，即到底是行政案件还是民事案件，多年来在司法实践中一直存在极大争议，在现在的司法实践中，虽然此类案件还归入专利行政案件的范畴，但司法界都认可这是一类特殊的行政案件，与民事案件关系密切，主要表现在：
（1）多数专利无效行政诉讼发生的前提是当事人之间存在专利民事争议
在专利无效行政诉讼案件中，提出宣告专利权无效请求的当事人一般是专利侵权案件中的被告，因此绝大多数的专利无效审查案件是由于专利侵权人在专利侵权诉讼中提出宣告专利权无效的“反诉”而形成的。这部分专利行政诉讼案件在实践中就会与专利侵权诉讼交叉进行。即一般先发生专利侵权诉讼，在专利侵权诉讼中，一旦被告提出宣告专利权无效的请求，就会启动专利无效的行政审查程序。同时，专利侵权诉讼可能会被中止审理。如果专利权人或无效宣告请求人对专利复审委员会宣告专利权无效或者维待专利权的决定不服的，有权向北京市第一中级人民法院提起行政诉讼。此时，一般需待人民法院对于复审委员会的审查决定作出判决并生效后，专利侵权诉讼才重新恢复审理。当然，对于发明专利的侵权之诉，法院可以不中止审理，这样就有两个独立的诉讼，而且形成了交叉诉讼。在某种程度上，专利无效行政诉讼是专利类民事案件特别是侵权类专利民事案件的基础性诉讼。
（2）专利无效行政案件具有民事案件的特点
该类行政诉讼案件与大部分普通行政诉讼案件在审判理念上有质的不同。一般的行政诉讼案件所进行的是严格的程序审查，法院很少对行政机关的处理意见进行实体审查，而专利行政诉讼案件的审理所遵循的是全面审查的原则，更多涉及对专利新颖性、创造性、实用性的实体对比而非单纯行政诉讼意义上的程序审或案卷审，在审理思路上与专利类民事案件更容易接轨。
（3）在专利无效行政诉讼案件中，与案件审理结果有直接利害关系的是第三人，而非被告。专利复审委员会在此类诉讼中的诉讼地位十分尴尬，作为被告应诉，实际上成为一方当事人的代言人，不但有悖于专利复审委员会作为行政机关代表国家和公众利益应当不偏不倚、依法公正处理的初衷，客观上也对法院改判此类案件增加了难度。
