恭格车凌印县名因和布克河、赛尔山（萨吾尔山）而得名。“和布克”系蒙语，其为“梅花鹿”；“赛尔”系马背的意思，山形似马背。
在先秦时期是塞种人的游牧地。宋朝时属西辽汗国，称为霍勃（火孛），是历史文献上出现最早的该地地名。元末，该地属斡亦剌四部之一的土尔扈特部的游牧地，称霍博克萨里。
1757年清政府平定准噶尔叛乱，该地属塔尔巴哈台大臣管辖。
民国4年（1915）在和什托洛盖设县佐，属塔城道。
民国18年（1929）将该县佐改为和什托洛盖设治局。
民国31年改名为和丰设治局，民国33年（1944）升格为和丰县，并从和什托洛盖迁往和布克赛尔。隶属塔城专区。
1954年9月10日成立了县级的和布克赛尔蒙古自治区；废除了“和丰”旧名，恢复“和布克赛尔”原名。
1955年改为和布克赛尔蒙古自治县。
1968年后隶属塔城地区。
1977年成立和布克赛尔镇。
2000年，和布克赛尔蒙古自治县辖2个镇、5个乡：和布克赛尔镇、和什托洛盖镇、莫特格乡、查干库勒乡、铁布肯乌散乡、巴音敖包乡、夏孜盖乡。 根据第五次人口普查数据：全县总人口57775人，其中：和布克赛尔镇 10057人、和什托洛盖镇 12511人、夏孜盖乡 2574人、铁布肯乌散乡 3474人、查干库勒乡 4120人、巴音傲瓦乡 2251人、莫特格乡 3502人、砂吉海矿区虚拟镇 2396人、查斯托洛盖兵团农师煤矿虚拟镇 3511人、伊克乌图布拉格牧牧场虚拟乡 3363人、那仁和布克牧场虚拟乡 2576人、巴嘎乌图布拉格牧场虚拟乡 1125人、布斯屯格牧场虚拟乡 2369人、查干屯格184团虚拟乡 3946人。
