一是犯罪主体不同
抗税罪的主体是特殊主体，即纳税人和扣缴义务人，非纳税义务人则不能构成抗税罪。妨害公务罪的主体是一般主体，即任何有刑事责任能力的自然人，只要以暴力、威胁方法阻碍国家工作人员依法执行公务的，均可以构成妨害公务罪。
二是侵犯的客体不同
抗税罪所侵犯的客体是复杂客体，即国家税收管理秩序和国家税收工作人员的人身权利。妨害公务罪侵犯的客体是国家机关的管理活动，即国家司法机关、行政机关与军事机关依照法律对社会进行管理的职能活动。
三是犯罪对象有所不同
抗税罪的犯罪对象是应缴纳的税款和依法征税的税收工作人员；而妨害公务罪的犯罪对象仅指依法执行职务的国家工作人员。
四是犯罪的主要目的和动机不同
抗税罪与妨害公务罪都是故意犯罪，但两罪的故意内容是不同的。妨害公务罪的故意，是明知侵害的对象是正在依法执行公务的国家工作人员，而使其不能执行自己的职务。行为人的主要目的是阻碍执行公务，即有意识地针对国家工作人员所执行的某一特定职务而实施暴力、威胁的阻碍行为。抗税罪的故意，是明知自己应当纳税，而使自己不纳或少纳税。行为人的主要目的是抗拒纳税义务，即有意识地针对国家税务工作人员向其征纳税款的执法活动实施暴力、威胁的抗拒行为。妨害公务罪的动机是多种多样的，有的是国家工作人员依法执行职务的行为触犯了行为人的利益；有的是行为人与某国家工作人员有私仇宿怨而借机报复；有的是为了庇护他人进行非法行为或为了逃避法律责任，等等。抗税罪的动机只有一个，即不纳税或少纳税。
